阿米巴经营有如上所述的3个目的，而在实际运用时，需要注意几个方面。首先是“阿米巴组织的划分方式”。

第一点是，“部门的收入和费用必须清晰，必须是一个可以独立核算的单位”。也就是说，这个部门的收入一定要是明确存在的，并且为取得这部分收入，所用的经费也要能明确算出，划分组织时必须要满足这个条件。

第二点是，“”可以作为一个独立完成的事业进行细分”。细分后的单位只有是一个独立的公司，领导者才能把自己当作经营者，不断地钻研创新，切实感受到工作的价值。

第三点是，“能够贯彻公司原本的整体目的”。即使满足了进行独立核算的组织条件，但是让这个组织作为一个独立的阿米巴成立，反而会破坏公司整体一贯的经营方针。这时，就不能让它独立成为一个阿米巴。

“稻盛和夫经营哲学广州报告会（2011年9月25日）”要点